随着社会发展，医学的进步，免疫学的快速成长，有很多不明病因的都以探明。目前，免疫疾的发病率高，治疗困难，已引起重视。因此，慢性结肠炎在常规治疗是下难以治愈的。
在病理学检查中发现慢性结肠炎与自身免疫有关：
（1）体液免疫血液中，一般都可发现抗结肠炎抗体（IGM）存在，其抗原是结肠上皮细胞内的脂多糖，从而使细胞毒细胞杀死结肠的上皮细胞，形成了局部或整片创伤，容易引起继发性感染，发生炎症。所以，在患者粪便中，常可发现大量上皮细胞脱落，也说明这个原因。
（2）细胞免疫----在人体免疫系统中，细胞免疫为人体主要免疫，其中有“中性粒细胞和淋巴细胞”。慢性结肠炎的发生，往往可引起大量淋巴细胞结集于肠素周边的淋巴结内，对抗发生肠系感染及肠道粘膜损伤的病毒（有报道为肠病毒感染）。而中性粒细胞则针对细菌性感染起到免疫作用，在长时间炎症作用下，可引起免疫细胞增强功击力，互相杀灭，将正常细胞破坏，导致炎症加重，是长期炎症不愈原因之一。
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