复杂性肛瘘的检查与诊断。肛门周围及骶尾部也有许多瘘管，易被误诊为肛瘘，应加以鉴别。
1、会阴尿道瘘：多因尿道损伤或狭窄所致，尿道球部与皮肤相通，排尿时小便从瘘口流出，直肠内无瘘口。
2、骶骨前瘘：由骶骨与直肠之间的脓肿在尾骨附近穿破形成，无通向肛门的瘘管。
3、先天性瘘：由骶尾部囊肿化脓破裂形成，原发外口常在臀沟中点，尾骨尖附近。瘘内可见毛发，由胚胎发生。
4、骶尾部瘘：常由臀部损伤，如打击、脚踢和擦伤引起，在骶尾部形成脓肿，从而形成瘘管。
5、化脓性汗腺炎：其病变在皮肤及皮下组织，病变范围广泛，可有无数窦道开口，呈结节状或弥漫性，但窦道均浅，不与直肠相通，切开窦道后无脓腔和瘘管。
6、结核性肛瘘：内外口较大，边缘不整齐，瘘管常无硬变。
7、先天性直肠瘘：常开口于会阴或阴道，内口在肛管壁上，不在肛窦附近。
8、其他：如直肠尿道瘘、直肠膀胱瘘、直肠阴道瘘等，较易与肛瘘鉴别。
肛瘘的检查化验
1.直肠指诊 在内口外有轻度压痛，少数可扪到硬结。
2.亚甲蓝染色法 将白湿纱布塞入肛管及直肠下端，通过外口向瘘管内注入亚甲蓝1～2ml，然后取出肛管内纱布，根据纱布上有无亚甲蓝染色及染色部位来明确瘘管的存在及内口部位。
3.探针检查 用探针通过外口插入管道，以明确瘘管的位置及内口所在。此法一般在手术时麻醉下进行，如操作不当或不熟悉此法可能造成假道形成。
4.瘘管造影 自外口注入30%～40%碘油，X线摄片可观察瘘管分布，多用于高位复杂性肛瘘及蹄铁形肛瘘的诊断。Yang(1993)检查临床疑有肛管直肠脓肿或瘘管17例，6例临床上疑有脓肿，肛管超声AUS检查也有脓肿表现;另外82%(9/11)AUS查出有瘘管，而临床常规检查未能发现。
5.肛管超声 对括约肌间瘘有时有确诊价值，但无法确诊括约肌外瘘及经括约肌瘘
6.MRI检查 Lunniss报道了35例此法检查结果，与手术结果一致率分别为：原发性肛瘘(85.7%)，继发瘘和脓肿(91.4%)，蹄形瘘(64.3%)，瘘内口80%。从而认为MRI检查时确诊肛瘘位置有极高的准确性。
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