肛瘘的治疗原则是手术为主，因为只有进行手术，才能找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。
1、 瘘管切开术：
是将瘘管全部切开开放.靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。 手术在骶管麻醉或局麻下进行。
提醒：手术的切除往往不够彻底，容易造成手术失败或复发。如果切除范围过大，组织损伤较多、易引起肛门畸形、狭窄，有时将未纤维化的耻骨肌切断，则就不可避免地会产生肛门失禁，给病人带来很大痛苦。
2、 挂线疗法：
是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛门3—5cm内，有内外口低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。被结扎肌肉组织发生血运障碍，逐渐坏死、断开，但因为炎症反应引起的纤维化使切断的肌肉与周围组织粘连.肌肉不会收缩过多且逐渐愈合、从而可防止被切断的肛管直肠环回缩引起的肛门失禁。手术在骶管麻醉或局麻下进行。
提醒：治疗时间长,病人痛苦大。
3、冷冻治肛瘘法：
麻醉下先用刮匙从外口适当搔刮瘘管，再用探针探入，确定瘘管的方向和走行，拔出探头，选择相似形状的冷冻探头(弯曲程度不同的紫铜管，直径2毫米左右)作接触法冷冻，持续冷冻3分钟，使整个管道成白色冰棒，待自然复温后拔出探头，外涂消炎止痛软膏。
提醒：术后有客观要求，需要坐浴、换药。
4、电疗治肛瘘法
运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。适用于低位肛瘘的治疗。麻醉下用探针搞清瘘管内外口及走行，用电疗仪沿探针依次切开肛瘘管壁，暴露创面，外敷烫伤膏。
提醒：这种方法仅适用于矮位肛瘘的治疗。
5、改良式瘘管切除术：
改良式瘘管切除术：利用直肠纤维镜进入到肛门里面,通过监视器,直接对内口进行微创电凝,使肛瘘的内口干结闭合,然后洗干净瘘管里面的脓液,这样大便后,粪便里面的细菌和粪水无法进入周围的组织,由此阻断感染源头及痛感,使之痊愈。
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它是利用直肠纤维镜进入到肛门里面,通过监视器,直接对内口进行微创电凝,使肛瘘的内口干结闭合,然后洗干净瘘管里面的脓液,这样大便后,粪便里面的细菌和粪水无法进入周围的组织,由此阻断感染源头及痛感，使之痊愈。此类手术在国际处于先进水平。
介绍：采用数字化视觉精确定位肛瘘病灶，辅助手术顺利进行;住院时间短，术后伤口恢复快、不影响肛门正常功能;手术过程中对病灶局部或完全麻醉，患者痛苦小;通过观察及随访过程中发现病灶并发症的概率极低;手术整个过程在电脑精密控制，术中、术后微创、安全、可靠，已使万千患者成功恢复健康。
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