肛乳头瘤极易与直肠息肉混淆，二者形态相似，均为顶大蒂小，但直肠息肉生于齿线以上的直肠部位，系直肠粘膜被覆，鲜红色，质软，易触碰出血。肛乳头瘤是肛管上皮组织增生，是纤维组织，不易出血，即使发作时有便血，基本上也是肛乳头被回纳入肛门时擦破肛管皮肤所致。但是肛乳头增生肥大亦可向齿线上方发展，会有粘膜成分，病理也可以诊断位直肠息肉。
另外，肛乳头位于直肠下端，围绕肛管一周2～6个，而且，一些个体因素决定一些人好发本病，例如某些人肛柱下方的外胚层及皮下组织有增生倾向，肛乳头增生可能会反复发生。所以，要忌食辛辣刺激食物，保持大便软化通畅，积极治疗肛肠炎性疾病。
所以，肛乳头有增生而成为肛乳头瘤就要象重视息肉一样受重视，它不宜保留，也不适于长期保守治疗，应当及时根治，因为该病有一定程度的癌变倾向，据报道，肥大性肛乳头若外观呈绒球状变化者癌变可能性大，若乳头向肛门方向肥大，癌变为鳞状细胞癌，若向齿线上累及，即为腺癌。过去认为肛乳头没有治疗意义，但是目前研究来看，肛乳头增大后没有保留价值，应当手术切除。
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