直肠炎的一般临床症状是直肠出血或直肠排出粘液，由淋病，单纯疱疹或巨细胞病毒引起的直肠炎可伴有强烈的肛门直肠疼痛。
便秘与腹泻交替，便中含有粘液及血丝，大便时肛门口灼痛。因分泌物刺激，肛门周围表皮脱落，有时成裂口发痒，下腹部胀满不适，食欲不振，体重减轻，全身不适。
指诊可触到直肠粘膜弹性减弱，粗糙呈颗粒状突起或有疤痕。直肠镜检查可见粘膜水肿、肥厚，色黄白，被覆粘液，擦去粘液，可见粘膜表面不光滑，个别部位有糜烂。细菌培养和活体组织检查，可确定病因诊断。
日本奥林巴斯电子结肠镜通过安装于肠镜前端的电子摄像探头将结肠粘膜的图像传输于电子计算机处理中心，后显示于监视器屏幕上，可观察到大肠粘膜的微小变化。电子结肠镜还可以通过肠镜的器械通道送入活检钳取得米粒大小的组织，进行病理切片化验或其它特殊染色，对粘膜病变的性质进行组织学定性。
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