肛管直肠瘘主要侵犯肛管很少涉及直肠，故常称为肛瘘，是与会阴区皮肤相通的肉芽肿性管道内口多位于齿线附近，外口位于肛周、皮肤处整个瘘管壁由增厚的纤维组织组成 ， 内复一层肉芽组织，经久不愈发病率仅次于痔，多见于男性青壮年，可能与男性的性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有关。
据大连金州肛肠医院肛肠专家解释：大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道 ，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈合，引起反复发作。管道的感染多数为脓 性感染，少数为结核性。
根据瘘口和瘘道的位置、深浅、高低以及数目，其分类有：
(一)外瘘和内瘘 外瘘至少有内外二个瘘口，一个在肛门周围皮肤上，称为外口，另一个在肠腔内，多数在齿线处肛窦内，称为内口，少数内口在 中 齿线上方，直肠壁上。内瘘的内口与外瘘相同，并无伤口，临床所见90%为外瘘。
(二)低位瘘和高位瘘 瘘道位于肛管直肠环平面以下者为低位瘘，在此平面以上为高位瘘。后者对治疗方法的选择有关。
对肛瘘国内外现行的分类方法多达二十余种。肛瘘统一标准分类是：以外括约肌深部划线为标志，瘘管经过此线以上为高位，在此线以下为低位。只有单一的内口、瘘管、外 口的称单纯性肛瘘;有两个或两个以上内口、瘘管、外口的称复杂性肛瘘。此分法目前已在国内普遍使用。
(1)低位单纯性肛瘘 只有一个瘘管，并通过外括约肌深部以下，内口在肛窦附近。
(2)低位复杂性肛瘘 瘘管在外括约肌深部以下，外口和瘘管有两个以上者，有一个或几个在肛窦部位。
(3)高位单纯性肛瘘 仅有一条瘘管，管道穿过外括约肌深部以上，内口位于肛窦部位。
(4)高位复杂性肛瘘 有两个以上外口瘘管有分支。
(三)单纯性肛瘘和复杂性肛瘘 前者只有一个瘘管，后者可有多个瘘口和瘘管。
复杂性肛瘘的病因大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易 愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈合，引起反复发作。管道的感染多数为脓性感染，少数为 结核性。
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