很重要的一点是肛瘘的手术费用是跟手术的治疗方法有关，医学上有说，肛瘘的治疗方法分为传统疗法和特色疗法，下面就详细介绍一下肛瘘的治疗方法：
传统疗法：包括切开挂线法、挂线疗法以及瘘管切除术
（1）切开挂线法：
这种方法的要点是将肛瘘切开因为肛瘘对肛门括约肌影响不大，治疗复杂性肛瘘时，对肛门直肠环以下的管道，可一次切开。这种疗法不足的地方在于治疗时间长，会对病人造成较大的痛苦。
（2）挂线疗法：
大家可能会产生疑问，挂线是怎么一回事？“挂线”是通过线的结扎，将肌肉慢慢地断开，给肌肉的断端以周围组织粘连和生长的机会，进而防止肛管直肠环断裂回缩，避免大便失禁。实践证明这种疗法存在很多优点，例如操作方便、设备简单、尤其对高位肛瘘这方面可避免手术所导致的肛门失禁。不足的地方和切开挂线法一致：治疗时间长，病人痛苦大。
（3）瘘管切除术：
治疗肛瘘还可用瘘管切除术。这种手术的切除往往不够彻底，从而容易造成手术失败或复发；或者如果切除范围过大，易引起肛门畸形、狭窄、组织损伤较多或将未纤维化的耻骨肌切断，这样就不可避免地会产生肛门失禁，给病人造成痛苦。
